Η Πάτμος, (λαϊκά και Πάτινος), που σπάνια αναφέρεται από τους αρχαίους συγγραφείς, Θουκυδίδης (3, 33), Στράβων (10, 448), απαντάται επιγραφικά και ως «Πάτνος». Το όνομά της κάποιοι ετυμολογούν ως παραφθορά της λέξης “Φάτνη” – Πάτνη = Φάτνη, ενώ άλλοι από το όρος Λάτμος της Μικράς Ασίας, όπου κατά τους αρχαίους χρόνους λατρευόταν ιδιαίτερα η Άρτεμις και ο κυνηγός ήρωας Ενδυμίωνας, απ’ όπου και το πιθανότερο προήλθαν οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού μεταφέροντας και τη λατρεία της Άρτεμις.

Μεταγενέστερα, η Πάτμος αναφέρεται στα έργα «Σταδιασμοί Μεγάλης Θαλάσσης», (280-284) και «Οικουμένης περιήγηση» του Ευσταθίου, (530), καθώς και από τον Λατίνο συγγραφέα Πλίνιο (Φυσική Ιστορία 4, 12, 23). Εκτός του ότι οι αρχαίοι κάτοικοι της Πάτμου, όπως και της Λέρου, είχαν κοινή προστάτιδα θεά την Άρτεμη, ήταν εντελώς άσημοι μέχρι και τους ρωμαϊκούς χρόνους, όπου το νησί ήταν τόπος εξορίας πολιτικών καταδίκων. Αυτόν τον χαρακτήρα διατήρησε και στους πρώτους χριστιανικούς χρόνους, όπου και εξορίστηκε ο μαθητής του Ιησού Ιωάννης ο Θεολόγος, όπου και  συνέγραψε στην Πάτμο την Αποκάλυψη και το φερώνυμο αυτού «Ευαγγέλιο», τα ιερά βιβλία των Χριστιανών στην Καινή Διαθήκη.

Κατά τον Δέκατο αιώνα η Πάτμος φαίνεται να έχει υποστεί πολλά δεινά από τους πειρατές, όπως όλα τα νησιά του Αιγαίου και μνημονεύεται ως άσημος και σχεδόν έρημος νήσος. Ο 11ος αιώνας βρίσκει την Πάτμο να λαμβάνει νέα ζωή. Τον 11ο αιώνα ιδρύεται η μονή του Αγ. Ιωάννου του Θεολόγου από τον μοναχό και μετέπειτα όσιο,  Χριστόδουλο, ο οποίος πέθανε αργότερα στην Λίμνη Ευβοίας, όπου και υπάρχει από τότε ομώνυμο προσκύνημα. Η μονή υπέστη στα τέλη του 12ου και στον 13ο αιώνα φοβερές λεηλασίες και διαρπαγές από Βενετούς και Δυτικούς πειρατές, μεταξύ των οποίων και ο ελληνικής καταγωγής Μαργαρίτης Βρεντεσίνος, ο οποίος αποπειράθηκε να μεταφέρει στο Πρίντεζι της Ιταλίας το σκήνωμα του αγίου.

Μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης, (1453), στο νησί κατέφυγαν πολλοί πρόσφυγες από την «Πόλη» και αναπτύχθηκε ένας ολόκληρος εξελιγμένος οικισμός, η Χώρα της Πάτμου, όπου αργότερα προστέθηκαν και άλλοι πρόσφυγες προερχόμενοι από την Κρήτη. Η άφιξη μορφωμένων στο νησί και η παρουσία εξαιρετικών προσωπικοτήτων μεταξύ των μοναχών, καθώς και το προνόμιο που είχαν από τον αυτοκράτορα Αλέξιο να διατηρούν αφορολόγητο πλοίο δημιούργησαν τις προϋποθέσεις για την δημιουργία μετοχίων στον Στύλο της Κρήτης και στη Νάξο. Οι επαφές των μοναχών με την Δύση και τα λατινοκρατούμενα νησιά άνοιξαν νέους ορίζοντες και μετέφεραν στην Πάτμο τα καλλιτεχνικά ρεύματα της εποχής, με έργα από τους πιο περίφημους εκπροσώπους της περιόδου. Έτσι στην Πάτμο βρίσκεται μεγάλος αριθμός εξαίρετων εικόνων από τον 14ο αιώνα κ.ε., καθώς και το πρώτο ξυλόγλυπτο τέμπλο με Αναγεννησιακά θέματα.

Οι κάτοικοι της Πάτμου, λόγω του άγονου του νησιού και μη έχοντας άλλο πόρο ζωής, αναγκάσθηκαν να επιδοθούν στη ναυτιλία και το εμπόριο διαθέτοντας στην αρχή μικρά πλοία. Για επαγγελματικούς και μόνο λόγους φρόντιζαν πάντα να διατηρούν «αγαθές σχέσεις» τόσο με τους Οθωμανούς όσο και με τους Λατίνους, εξαγοράζοντας την ησυχία, της ασφάλεια και την ελευθερία τους με φόρους και δώρα που κατέβαλαν συχνά στους Τούρκους και τους Ενετούς.

Το 17ο αιώνα η Πάτμος με τη δυναμική παρουσία της Μονής είχε καταστεί ναυτικό και εμπορικό κέντρο. Κατά την περίοδο του υπέρ 20ετούς Ενετοτουρκικού πολέμου του λεγόμενου Κρητικού (1645 – 1669), η Πάτμος λειτουργούσε ως ναύσταθμος των Ενετών. Με τη λήξη του πολέμου η Κρήτη περιήλθε στους Οθωμανούς Τούρκους, όπως και η Πάτμος. Παρά ταύτα οι κάτοικοι συνέχισαν να αποκτούν περισσότερα πλοία, η δε Μονή με την ίδρυση της Πατμιάδος Σχολής, ακόμη  περισσότερη αίγλη. Η Πάτμος, κατά τις ειδήσεις των ταξιδιωτών εκείνης της εποχής, φέρεται να μην είχε ποτέ ξένους μόνιμους κατοίκους εκτός από Έλληνες και μόνο.

Το 1770 κατά την επανάσταση του Ορλόφ, η Πάτμος καταλήφθηκε από τον Ρωσικό στόλο και σε απογραφή της εποχής καταγράφεται να αριθμεί 510 οικίες και 2.086 κατοίκους. Με τη συνθήκη Κιουτσούκ-Καϊναρτζή (1774) οι Πάτμιοι επωφελούμενοι της παρουσίας των Ρώσων προξένων στο Αιγαίο και χρησιμοποιώντας τη ρωσική σημαία κατασκεύασαν μεγάλα πλοία και επιδόθηκαν στο θαλάσσιο εμπόριο.

Η Πάτμος, που ήταν επίσης γενέτειρα του ενός των ιδρυτών της Φιλικής Εταιρείας του Εμμανουήλ Ξάνθου, με την έκρηξη της Επανάστασης στην Πελοπόννησο κατέστη ναυτικό επαναστατικό κέντρο και πολλοί κάτοικοί της έλαβαν μέρος στον αγώνα της Εθνεγερσίας. Οι τοπικοί επαναστάτες ήταν μυημένοι από τον Πάτμιο Φιλικό Δημήτριο Θέμελη. Μάλιστα, ήταν το δεύτερο νησί μετά τις Σπέτσες που επαναστάτησε, την 12 Απριλίου, (Τρίτη Διακαινησίμου), του 1821, με τελετή στην πλατεία της αγίας Θεοκτίστης της Λεσβίας, (η πλατεία της Χώρας, με το ομώνυμο εκκλησάκι που σώζεται έως σήμερα). Έγινε λιτανεία με προεξάρχοντα τον Πάτμιο πατριάρχη Αλεξανδρείας Θεόφιλο ο οποίος εκφώνησε και ομιλία.

Μετά τη συνθήκη Κωνσταντινουπόλεως, (9 Ιουλίου 1832), η Πάτμος περιήλθε και πάλι στην Οθωμανική αυτοκρατορία, όπου και παρέμεινε μέχρι το 1912, οπότε καταλήφθηκε από τους Ιταλούς στους οποίους και παρέμεινε μέχρι την κατάρρευση του Φασισμού, το καλοκαίρι του 1943, οπότε τους αντικατέστησαν γερμανικοί σχηματισμοί, οι οποίοι με τη κατάρρευση του Ναζισμού παραδόθηκαν στους Συμμάχους. Τέλος, με τη συνθήκη της 10ης Φεβρουαρίου του 1947, η Πάτμος ενσωματώθηκε στην Ελλάδα, μαζί με τα υπόλοιπα πρώην ιταλοκρατούμενα νησιά που απετέλεσαν τη Γενική Διοίκηση Δωδεκανήσου.